結論：

(一)捷運聯合開發大樓依公寓管理條例第三條第一項之規定，係屬公寓大廈，故仍應有前揭條例之適用。

(二)按有關公寓大廈基地或附屬設施之管理使用及其他住戶間相互關係，除法令另有規定外，得以規約定之，公寓大廈管理條例第二十三條業有明定，有關捷運聯合開發大樓所定之營建契約書及營運管理章程涉關前揭規定之法定權利義務者，自不得以規約排除之。

(三)捷運聯合開發大樓依大眾捷運系統土地聯合開發辦法第二十七條所訂定營運管理章程及營運契約書，係依公法所定之特別約定，其公寓大廈規約之約定不得逾越營運契約書及營運管理章程所訂法定之權利義務。

(四)關於大眾捷運系統土地聯合開發辦法修正草案，本部建議如后：

1.增列有關建築物之共用部分管理維護之約定，區分所有權人不得以區分所有權人會議排除前揭辦法所訂定之營運契約及約定之規定，以明權益。

2.增列公寓大廈專有部分有讓售等處分行為時，應於契約中明定，區分所有權人之繼受人應繼受原區分所有權人依本條例或規約所定之一切權利義務，俾杜爭議。